Similar regions between promoters of dinB

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CAACAGGTCTGCCTGTTCCCTTGAGATATGCTTGAAGACATCCTGATTGATTTCACGATG hal ............................................................ -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CACAAATTCTGTCCCTTCAAGCAGGACTTCCACAAACAGGTTTATCGCCTGACATAGCTT hal ..................................AACAGGCCTATTGC.TGATTTACATG -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<< sub TTGTTCATTCAATATCTTCCCCTCCTCATTATAGTTTACCCCGCTAAACTTTATGTTCAA hal TTGTTGAATCA....................................ACATGTTGTTGAA -180 -170 -160 -150 -140 -130 sub TGTCAATTAG-TTTATTCCTCTAAACTATAT-ATGTCAACAAATTTTATTTTCGAGCACT hal TCACGAGGTGATTTCTGCTTCTGAATTAGCTCATAAGTACAATGTATCCTTTCGATAAGA -120 -110 -100 -90 -80 -70 @@@@@@@@@@@@@@ sub CTACATAAGAACTCATGTTCGTGTATAATGAAAGCTATACACACGAAAGGGGGAATTTTA hal TGACAGTAGAA..CATGTTGTTGAATCACGA............CTAAAGGGTGAA..... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub AC hal .. -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...