Similar regions between promoters of ydbA

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub ATCAATTTCATCTGTAGAGGCGTTTTCCGCCCATTCCTTCGCTTTGCTTGTCGCAATTGG ste ............................................................ -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub AATCGCGCGCCCTTCCTCATAGCCTTCATCAATCATCGCATTCGCAATGTCTATCGCCTT ste ............................................................ -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TTTTCTCACCGGCTTCTCAAGATTTTTTAATGAAGCAGGATAATCCTTCATCGACCAAGG ste ......................TTTTTTAATTAAGCAGGATAA................. -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<< sub CATGTCTATCACTCCTTTTCCTTTTATAAAAATGGTACCCGCAGGTGAAAAATAAAAACG ste ...........CTTCTTTATAATTTATAAA..........GCAGGATAAAAATA...... -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub CATCCGAAAAAATGAAGGTATACTATATA---GTAGAAAAAACGGAAGGGAAGTGCGGGT ste ..................TATAATTTATAAATGTATAAAAAATGCA.............. -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub TGG ste ... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...