Similar regions between promoters of yhcU

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGCGGTCTCCCTTTTTTACAATCATATTGTTTAAGACGGATTCGTGATTGACCTTTATCT ste ................TACACTCATAGTAT.............................. -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GTTGATGGGACATCCA--GTCTTGTATCACTGGTTTAGAAGCTTTGAGCGCTGTTTTGAG ste ....ATGGTACACTCATAGTATCGTCTTAGTGATGGAGAA.................... -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TACGGAAAACAGCCATTGGCCGTCCTGTTTTTCATTGATGAGGATCTCAAGCCCTCTGCC ste .......AACAGCC--TGGCCGTTCAGTTT......GATGATGCATTCCAGCCAATCGCC -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<< sub TTTTTGGTTCATGTTAAATGGCTCCTTTTCGAAGCGGAAGGCTGCTGTTTCTCATAGGAA ste TTTT...................CTTTTTCGAGGCGG...................GGAA -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub ACACTTACCTTAGCTTTCGCGTTTTTTTCTGTGC-TATTCTTGAGTAAGACTTAGGATAT ste ACACTTTC.TTAGCTGTGGAAACACTTTCTACCCCTATCCTTGCGCGAGATATGGTACAC -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub TCG ste TC. -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...