Similar regions between promoters of yisQ

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCCTTCAACAGAAAACGATGTTTCATTTTCCGTTATATATAACGTTCCCTGTTTGACATA hal .........................TTACCCTTTATAATTAACGT............... -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TATCAGATCAAACACGGAGAATACACGTTTCACATGGGTTTCTCCTTTTTTAAAAACCCC hal ......................................TTTCGCAAGTCTAAATAACCCC -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TTCCCCAGCTGCGATAAATACCGGAAAAGGCGGGACTGTAAACAGGATGCGAGGCATTTG hal TTACC....................................................... -180 -170 -160 -150 -140 -130 sub AATCATCCTCCTTTTTAAGTCGGATTTTTACAAGAAGTATCGTTTCTATCCCTTTTTATT hal ...........TCTTAAAGTCGATTCCTTAATAGGA........................ -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub ATAAGGAAATGGAGGTACACTTTAAAA----CGTTGATTTTATTTACGAAAGGGG-TTAG hal ..AAGGAAAT..AGTTACCCTTTATAATTAACGTCGACATTAATTTTTTAAGGGGATTAG -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub ACACG hal A.... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...