Similar regions between promoters of yitK

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CTACGTATATAAAGACTTCTACTTCGTCTCTGTCCTCGATATCCTCAGTCATTTCACTGT hal ..ACGTTAAGAACGAC--CTATGGCTACTGGCTCATCAGTAGCTTTTTTC-TTTTAATGT -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TATGTAAGAGAATCGTATCTTCCCCATCGGTTAAAAAGTAACCGAAGTCGGTTTGGTGAT hal GATTTAAAA...TCGGCGCTTCCACTTTTGTTAA.......................... -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CTATACTCAAGGTTAATTGCTGCCCTGGTCTCATGCTATCGTCCTTCCTGTTCCGCTTAT hal ............TTAATTTCGGCGCT.................................. -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TCTCTGCGGATTTTGTTAACATTTTTTCCAATCATCACAAATTGATTCTTTGTTCTGTTG hal ..........TTTTGTTAACTT...........ATTACGAAATGAGTCCATATTATGGTA -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub GAAGTTTCTCTTTATTCTACTATAATCAACACATAAGTTAAATGTTATGGAGGTTTTCAT hal CAATGTT.............................GTACAATGTTACGTAGG....... -60 -50 -40 -30 -20 -10 -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...