Similar regions between promoters of yvbU

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGTTTCTTTTAAGCGTAATTTATGAATACGCGGCAGTGCGACTATGACTAATAAAAGCCC hal .GTTGCTTTTA-GTGTAAAT........................................ -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCCGATCAGCGTTCGGATGCCCGCGAACAATAATGGCGGAGAATAGGCGAGCGCGGCTTT hal ...........................CAAGAATGCCTGAAAAAA.............TT -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GGACAGCGGC--CAATTGACGCCCCACATGATGACGAGAAATGCGAGCAGGAGAGCTGTC hal GACCAGCGGCAGCAATTGAGACACC................................... -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGCGTTTTTGGGAGCTGCTTCATTGTTCATTCACTCCTTGTAGAACTTTTCCATCATATG hal .............GCTGTTTTTTTGTT................................. -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub ATACGGTAGAACATAAGATAAATAAAATGAATCTTTTTTATAAGGAGCATAAGTAAATTG hal .............TAACATAAGTAAAATTGATGTTTTTAATGCAGGAGATGAGTATAT.. -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub TT hal .. -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...