Similar regions between promoters of yutD

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<< sub CTGCTGTTCTCCGTCAAATTGTTCTTTTTGATAGCGGACATAGCCAAA-TTGTTCGTTCT hal .......................CTTTTTCAT.GCTGACCTACCTCAG-GTGCTCG.... ste ............................TGATGGCGGACGTAGCCGAAGTTGTTCAT... -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CATTATGCCTGTTAAAAGCCTCGTTGCGGTCCGACACATGAATGGGTTTGGTTTGATTCT hal .......................TTGCTGATTGTAATAAGAATTGCGGCTGTTTACTTCA ste ...................CTCGTTGCGGTCGGTGACATTGATCGTGTTGCCGC---TCC -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCGTCTGATTCCGGACATTTTGGGCATTATCCAATCCTGCGCCTCCGCACCCGGATAATA hal G.....GTTTCCGAACAATGTG...................................... ste GCTTGTAAATATCGGTGTTTTCGTCCTGAGCCGTCTGCGCGCAGCCGGCTAGGGCGA--C -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GTCCGGTCAGCAGGCAGAGGCTGACAGCGGTTCGTTTCATTTATCAATCCCTCCTCATGT hal .................AGGCTGAC.........TTTCATC-ATCTTTCCCTCCTCTTTT ste GGCCGCTCCGAACGCAACGGCCAACCATGGT-CGTCTCATCGTCAGCACCCCCTTCGCTT -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub GTAGGGTAGCCAAATCGCATGATTTATTCTTTA--GCAATTGAT-GGGGACGGGGCAATG hal ....................GATTTACTGATT---GAAAAAGAT-GG............. ste TTAGGGTGGCACA--CGGATGATGGTTTGATGACAGTAATTGATTGGGGGCGATGCA... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub AATT hal .... ste .... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...