Phylogenetic profile
:
SigB
Orthologous information of transcription factor. (
Explanation
of these marks.)
TF
COG
Orthologs
SigB
COG1191
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
.
.
Orthologous information of regulated genes. (
Explanation
of these marks.)
Regulated operon
Regulated gene
Orthologs
aldY
aldY
*
*
+
+
+
+
+
*
.
.
.
+
*
+
+
+
+
+
+
+
*
.
+
*
.
*
.
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
.
+
.
.
.
.
+
*
*
.
+
+
bmrU-bmr-bmrR
bmrU
*
*
+
+
+
+
*
+
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
*
+
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
+
*
.
+
.
+
cdd-era
cdd
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
.
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
*
.
.
.
+
.
+
clpP
clpP
*
*
*
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
*
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
*
*
+
+
+
+
csbA
csbA
*
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
csbB
csbB
*
+
*
*
*
+
+
+
+
+
+
+
*
*
*
+
+
*
*
+
*
.
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
*
*
+
.
.
.
+
*
*
+
+
+
+
csbC
csbC
No ortholog data.
ywmF-csbD
csbD
No ortholog data.
csbX-bofC
csbX
*
*
*
*
+
*
*
*
+
+
+
.
*
+
+
+
*
*
*
*
*
+
+
*
*
+
+
+
+
*
+
*
*
*
+
*
*
*
+
*
+
+
+
+
+
*
+
*
+
+
gcaD-prs-ctc
ctc
*
*
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
.
+
ctsR-mcsAB-clpC-radA-yacK
ctsR
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
dps
dps
*
*
.
+
+
+
+
+
+
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
*
.
+
+
+
+
+
.
.
*
+
+
+
+
.
+
.
+
+
*
.
.
+
+
*
*
.
.
+
+
gabTD
gabD
No ortholog data.
gsiB
gsiB
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
*
*
*
.
*
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
gspA
gspA
*
.
.
.
.
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
*
*
.
.
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
gtaB
gtaB
*
+
+
+
+
*
+
+
.
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
+
.
+
+
.
+
.
katE-yxiS
katE
No ortholog data.
katX
katX
*
*
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
*
.
.
.
+
+
+
*
+
.
+
*
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
nadE
nadE
*
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
*
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
nhaX
nhaX
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
.
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
.
+
opuE
opuE
*
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
*
*
*
+
+
.
*
*
+
+
.
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
*
.
+
.
.
+
.
.
.
+
.
phoPR
phoP
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
relA-yrvI
relA
+
+
+
+
*
*
*
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
*
.
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
*
.
.
.
*
*
*
*
+
+
+
rsbRSTUVW-sigB-rsbX
rsbV
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
+
.
.
+
+
*
.
+
*
.
+
+
+
trxA
trxA
*
*
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
*
+
+
+
*
+
*
*
*
+
*
+
+
+
+
+
*
+
+
+
*
+
+
+
*
*
*
+
*
+
yacLMN
yacL
*
+
+
+
.
.
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
+
ydaDEFG
ydaD
*
*
+
+
+
+
+
*
.
.
.
.
+
*
*
*
*
*
*
*
*
+
+
*
+
+
+
*
*
+
+
+
+
+
+
*
*
*
+
+
+
+
.
.
*
*
+
+
+
*
ydaDEFG
ydaG
*
.
+
.
.
.
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
*
ydaP
ydaP
*
+
+
+
.
*
+
+
.
.
.
.
*
+
+
+
*
*
*
*
+
+
+
+
*
+
+
*
*
+
.
.
+
+
+
*
+
+
.
.
.
.
.
.
+
*
+
+
.
+
ydaTS
ydaS
*
.
.
+
*
+
+
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
ydaTS
ydaT
*
.
.
.
.
.
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
dctB-ydbD
ydbD
*
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
*
.
.
.
.
ydbP
ydbP
*
*
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
*
+
+
+
*
+
*
*
*
+
*
+
+
+
+
+
*
+
+
+
*
+
+
+
*
*
*
+
*
+
mhqNOP
ydfO
*
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
*
+
+
+
+
+
+
*
.
.
+
+
+
+
*
+
.
.
.
.
.
.
+
*
.
.
+
+
ydhK
ydhK
No ortholog data.
yfhKLM
yfhK
No ortholog data.
yfkJIH
yfkJ
*
+
+
+
+
+
+
*
.
.
.
.
*
+
+
.
+
+
+
.
+
.
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
*
+
.
.
.
.
.
.
*
+
*
.
.
+
yflA
yflA
*
+
.
.
+
+
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
.
+
.
+
+
*
+
.
*
*
.
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
.
.
.
.
*
+
yhdF
yhdF
*
*
+
+
+
+
+
*
.
.
.
.
+
*
*
*
*
*
*
*
*
+
+
*
+
+
+
*
*
+
+
+
+
+
+
*
*
*
+
+
+
+
.
.
*
*
+
+
+
*
yhdNO
yhdN
*
+
.
+
.
.
*
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
*
.
.
+
.
.
+
+
.
.
*
+
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
*
+
*
+
+
yjbCD
yjbC
No ortholog data.
yjgB
yjgB
No ortholog data.
ykgAB
ykgA
*
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
ohrB
ykzA
*
.
.
+
.
.
+
+
.
+
+
.
+
.
.
.
+
+
+
.
+
.
+
+
.
.
+
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
yocK
yocK
+
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
*
*
*
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
.
yotK
yotK
No ortholog data.
yoxA-dacC
yoxA
*
*
*
+
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
.
+
.
+
+
.
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
+
yoxCB-yoaA
yoxC
*
*
.
*
+
+
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
ypuBC
ypuB
No ortholog data.
yqgZ
yqgZ
*
*
+
*
+
*
*
*
.
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
.
+
+
*
+
+
*
*
+
.
.
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
*
.
.
+
+
yqhA
yqhA
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
+
.
.
+
+
*
.
+
*
.
+
+
+
yqhQP
yqhQ
*
*
+
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
yqxD-dnaG-sigA
yqxD
*
*
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
yqxL
yqxL
*
.
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
*
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
.
.
.
.
+
*
+
+
+
+
yrvD
yrvD
*
+
.
.
.
.
.
*
.
.
.
.
+
*
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
ysnF
ysnF
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
ytkL
ytkL
*
*
+
.
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
+
+
.
.
+
.
.
+
+
+
+
+
.
.
*
.
.
.
.
+
*
.
+
+
+
ytxGHJ
ytxG
*
*
.
*
+
+
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yvgO
yvgO
No ortholog data.
yvrE
yvrE
*
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
+
.
+
+
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
yvyD
yvyD
*
*
+
+
+
+
+
*
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
.
+
.
+
*
+
+
+
+
*
ywjC
ywjC
No ortholog data.
ywmE
ywmE
No ortholog data.
ywtG
ywtG
*
*
*
*
+
*
*
*
+
+
+
.
*
+
+
+
*
*
*
*
*
+
+
*
*
+
+
+
+
*
+
*
*
*
+
*
*
*
+
*
+
+
+
+
+
*
+
*
+
+
yxaAB
yxaB
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
yxkO
yxkO
*
.
+
+
.
.
+
+
.
.
.
.
*
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
+
*
+
*
.
+
yycD
yycD
No ortholog data.
Copyright: Human Genome Center, Inst. Med. Sci., Univ. Tokyo; 1999-2008
Contact:
Kenta Nakai
