Similar regions between promoters of bltR
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub AAGTAATTAACTGAGAAATGGCAAAAGCCGCAACAAGATAACCCATTGTGCTGCCGGATA hal ...TGATTAATCCATAGATCGGAAAA.................................. -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub AATGCATGATTTTCATAAAAGAAGGCATAACTGG-AATGATTAAACCGATACCAAGAAAT hal .......................GACATAACGGGCAATGAACATACCG............ -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCTACGAAGATGTTGCTTAATAGTATAATGAATATCGTTTTTTGCTCATTTATTGATTTT hal ..TACTAAGGTGTGGTGTAACACGATAGTCAAGA..............TGTTTTGACATT -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<< sub TTCATCTGAATTCCCCTTTTACTCAATTGAACCCTTTTTACCTATCCTTTTCGCTTGAAG hal TCCATCT...........................TTTTGACATTTCCATCTCG....... -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub CTTTTTTCAAGTACAATCAAATCATAAGGTATATGGTTACCGTATAGTCAAGGAGGTTTT hal ............ACAATGATATACTAAGGTGTGGTGTAACACGATAGTCAAG........ -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub T hal . -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...