Similar regions between promoters of clpE
sub TCCTTGAAAAGACGAAGAAAACATGTTTTACTTTGTAACAA-ATC---AAAAATTT-TTG hal .......................TGATTGGTTTTCTAACAATATCTCCAAAAATTTCTTT -300 -290 -280 -270 -260 -250 @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ sub TGCATAAGACTTGAAAGTCAAAGATAGTCAGAGTATACTATTAATCAAAGTTGGTCAAAC hal TTAAAAATCCTTGACAACTTTGAATTCCTTCGTTAAATTAATAGTCAAAGATAGTCAAAG -240 -230 -220 -210 -200 -190 @ @@@@ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ sub A-AACCGGCCTTTTTTAAAAATCAATTGGTCAAAGATAGTCAAATATTCAGTCTGCTTTG hal TCAAATTTCGTATTTTAAAAA------GGTCAAAGTTAATCAAA................ -180 -170 -160 -150 -140 -130 @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ sub AGCATATTGGTTTGAATGCCGTTAAGTTTGCCGTATACTAATAGTCAAAGAAGGTCAAAC hal .................................TAAATTAATAGTCAAAGATAGTCAAAG -120 -110 -100 -90 -80 -70 @@@@ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ sub CCAATAGACCTTTTTATTCACTTTCA---TTGGTCAAAGATGATCAAATTATTAAGGAGG hal TCAAATTTCGTATTTTAAAAAGGTCAAAGTTAATCAAAGTCAAAAAAATAAATGAGGAGG -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub TTTTGGCAA hal TAT...... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...