Similar regions between promoters of nadB
<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TGTAAA-ATAGATGCCGCTTGCTTCTCCGCCAATGATGTTGGCGATTTTTTCACGGCAGT hal TGTAAATATAGATGTC...................AGGTTAGCGATTTGTCGTTTGCATT -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub ACTCCAGTATGTGCTTTGCTTTTCCTCCTGCATCATGCAGGCTGCTGGCATTTCCGTACA hal GCTCTAAAATGTTCGATGCTTCGTAGCCAACATCGTGTAAGCTATTCGGATTTCCATAAA -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TATCCATACTAAGCTTCTGATATACAGTAAGGGCTTCCTCACAAATAGGCGTTGTCGCTG hal ATTGTGAGGCGACCGTTACATAAACGTCTTTTACATAGTCTGACATTGGTGTTGTTGCAC -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CATAATCTAAATAAATCATCC---------------GGTCTTCCTCCATCCGTTCT---- hal AATAATCTAAATAAATCATGCTACGATCCCTCCTTTGGTCAATCTCCACTATTTGTTAAG -120 -110 -100 -90 sub CCATAAAAAACTCTTGAGTTTATTTTATCCTTGTGTAAATATAGGTGTCAAGACAGGTGT hal CGATAAAAAACTCTTGTCGCTAGTTTAAATTTGTGTAAATATAGATGTCAAGACATATGT -80 -70 -60 -50 -40 -30 sub AAACAACAGGAGGATGGCAT hal AAA................. -20 -10 -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...