Similar regions between promoters of yclA

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub ATGTGGCCAGTTGTTCTACTTCTTGTAACGTATAGCCTGTTTCGTGTTTGATCGTGACGT ste ............................................................ -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TTGCCCAAGGAGACACAACGAGATGGGTTTCCACTCCGGCGGCCTTCAGCCACTGCAGCA ste ............................................................ -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCCTGACCCCGAAAATGGCCCCTGTTGCCCCTGTCATTCCGACAACGAGTTTCACTTTGC ste ..................................................TTTTCATTCC -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CCCCTCCTTTACGCTTGAATTCTGCTTTCATTTCAATCATACTCCTGATATATCCATATG ste CCCCGTTTTCACG.........................ATACTCCTGA.......ATATG -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub AAAAATATCTATTAAATCTATAATTA-ATACCTAAAAGGTATGATAAGGAGGCGCTTTCT ste AAAAATACAAAAATGATCAACTATCCTATACGAAAAAAATATG................. -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub T ste . -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...