Similar regions between promoters of ydeP
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<< sub CGATACGGTCATGGGCCAGGAGCTGCTGTTGTTCAAATTCCACATCAATTGG-TTGATCG hal ...................................ACTTTCACATCAACCGGATTAATCG -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGATATTTTTCATAAAGATCATGGACAGTTACATCTGGTTCACTTAAAACGGCTTCTTTC hal AAATGGCTTTCA.....ATGTTGTATAGTTACATGTAGGTTACT........CTTTTTTC -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CACTTTTTATTGATACGAGAGGATTCTATATTCGGATGTACAACGAGTACGAGTGTTTTC hal CTCCTTGAATT..................................AGTCCTATTGTTTTC -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<< sub ATATGATCCATTCCTTTCATTCCTTAGATGTGACATCATTATATGATGTATATTAAAATA hal ATCTTTTTTCCTCCTTGAATTA--TGGTTCTCTCGA-ATTATAAAAGGAATGCTGGAAGG -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub TAAAAAGTACGCACATTGAATGTATATAGTATCAAAAAGTATACTATTAGGAGTGAACAG hal ATGTAAGAAGGCACATTTATGTTGTATAGTTACATGTAGGTTACTA.............. -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub C hal . -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...