Similar regions between promoters of yhfW

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<< sub TTTTGCGAATAACACCGAGACAGCGCGTCCAATCCCGCTGTC-TCCTCCAGTAATAATAG hal ................................TCGCCCTGTCATCCTACAGAA....... -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGGTTTTGCCCTCTAATTTTTTCGCTTTCTTCGGCTTATCAAAAACCGGACGCGGGTCCA hal .............................TTCGCCCTGTCATCCTACAGAAGCGCTTTCA -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TCAGATATTCAAAACCAGGCTGCTGGTTCTGGTGCTGAGGCGGTAATGTTTTCTTTTTTT hal TACTCTATCCA.....................................TTTTAGTTTAAA -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<< < sub GATTCGCCA--ATGAAATCACTCCTTTTCAACCTTATTATGTTATGAACAATGCCTGCTT hal GTTTATCCACTATGAAGTCA........................................ -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub CCTATGTATGAAAAGATAGAATATGGAAAAATT--AAGAATAAATCTGATTGGAGGTATA hal .CAATGTTTCACGTGAAACAATTTAGAAACTTCCCAAGAAAAGAT............... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub ACGGC hal ..... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...