Similar regions between promoters of yitL

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TGACCAGCACATCTTTCAGCTGGCTTAATTTGAATTCGTCATCGGAAACGAGGACCAGC- hal .............................................AAACAAGTACAAGCA -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub --TCCTCTTTATCTAAAGAAATGTCGCTTTTGCTGCCTTTAAAGTCATATCGGGTACTGA hal ATTGCTCATGAATTAAAAAAA..............................GGGTACTGA -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TTTCCTTCAGTGCGATTTGGATTGCGTTTTGCACTTCAGGCAATTCCACCTTGGATACAA hal TTGATCTCGGTG................................................ -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TATCAAATGAACTTTCTTTTGCCATATGAAAACCTCCATAACATTTAACTTATGTGTTGA hal .ATTAATTGCTGATTTTTTTCTCATCTGAAAACAAGTACAAGCAATTGCTCATGAATTAA -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub TTATAGTAGAATAAAGAGAAACTTCCAACAGAACAAAGAATCAATTTGTGATGATTGGAA hal AAAAAGTAGCACA....GGAACTCCGAAAAACAAGTACAAGCAATTGCTCATGAATTAAA -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub AAA hal AAA -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...