Similar regions between promoters of ylaF

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GTATTTTTCGCCAATATTGTAATGCCGCGTTCGCGTTCAAGATCATTAGAGTCCATTGCG hal .........GCGATGATCGCAATGTTGCGT.............................. -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGTTCAGCAACCTGTTCGTTGGCACGGAACGTACCAGCCTGATGTAAAAGCTGATCGACT hal ............TGTTCGTTTTCTCGGAACGTTCCTGATTGTTTTAGCAATTGGTCAACC -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub AGAGTCGTTTTCCCATGGTCAACGTGGGCAATAATCGCGATGTTGCGAAGATCATTTCGA hal AATGTCGTTTTTCCATGGTCAACGTGGGCGATGATCGCAATGTTGCGTAAATCGTTACGT -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<< sub AGTTTCACTTTTTCATCTCCTAAAAAAAT--TAGATAACTTTCATATTATATCACACATC hal ACGGTCATGTTCTTCTCTCCTCGTAAAATGGTCATTAACTGTCTCATTATAACATA.... -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub CTCTTTAAAAGCGTCACGTTTTTCTGTAAACTTAATATAAGACGTAAAAGGGGATAGAAT hal ............GTCATGTTCTTCTCTCCTCGTAAAAT...................... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub TT hal .. -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...