Similar regions between promoters of yrbG

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CGGTCAATAAAAGTGAAACCGCTAAACTTGTCAGGAGCATGGCTGAAAATATGGCGATTA hal .................ACCGCTAATGTAATC-GTGGCAGGGCT................ -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub AGCCGTAAAGAATGCCTTTTCCAACTTGTTTCGTTTCCTCCATGATTGTCTCCTCTCTGC hal ........................CTCTTATCGTCTCCTTCAT................. -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CTGTATTAAAAGGCTTCTGTTCTTTTTGTTCAAAACCGTCAGACATGCTGATGGCTCGTC hal .....................CTTGCCGTTCAAGCAAAACAGTCCTTCAGTTATTTAGAG -180 -170 -160 -150 -140 -130 sub TTTGTAAAAATGTATTCCCTTATCCCATGAATTAGACGTAAAAGCTTTGTGAAATGCAAT hal TTTTTAAAAGT.....................................GGGGAATGCAA- -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub CGGTTTTTCTTACATAAATTGATCATTTTGTTGCAACCTATAATGAGTTGGAGGTGCATA hal CGGTTATT.................TATTGGCGCTACCGCTAATG............... -60 -50 -40 -30 -20 -10 -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...