Similar regions between promoters of nifS
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TAACGTATCCTCCAGATGGGCTT--CAATCGAGTCATCTTTTGCATAGGCCGCAGCAATC hal .................................TCCCCTTCTGCGATTGGGGCGGCGATC ste ...CGTATCGCGGAAATGAGCGCGCCAATCG--TCGCTCTCTGCCAGCGCCGCGGCCACC -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CCGCCTTGTGCATAGACAGAATTGCTGTTTTTGACGCTTTTTTTTGTGATAACAGTCACT hal CCCCCTTGCGCAAGAAATGAATTGCTCGCAAAAACATCAGACTTTGTGATCATGATCACA ste CCTCCTTGCGCCCGCCATGAATTGCTGTCGGTGCAACGTTTTTTTGTGAATATCATCACA -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TCGTATGAGGGCGGGAAAGCTGCA-GCTAAGGAAAGTGCCGCCGCCCCTGAACCGATGAC hal T....................................GACACCCCTCATTTACATATGTC ste TGGTC-GAGCTCAGATAAATGATACGCGACCGTTAACGCCGCCAGCCCGCTTCCGACGAT -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TGCAATCGTCTTTTTAGACATATGCCATCCTCCTGTTGTTTACACCTGTCTTGACACCTA hal TTGACATCTATATTTACACAAAT...............TTTACATATGTCTTGACATCTA ste AATCACGCCACCTTCCTTCACTCTCGGACGCCCCTTTCTTTTCACCTGTCTTGACATCTA -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub TATTTACACAAGGATAAAATAAACTCAAGAGTTTTTTATGGAG-AACGGATGGAGGAAGA hal TATTTACACAAATTTAAACTAGCGACAAGAGTTTTTTATCGCTTAACAAATAGTGGA... ste TATTTACACATATTTAAACTAATGGCAAGAGGTTT......................... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub CCGG hal .... ste .... -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...