Similar regions between promoters of yflK

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub GCGGGATTCAGTCACAGAGATGTCGGTAACCTTTGAGAAAGGGCTTCCGTTCTTTACAGC hal ...................................AGAAACAGCCTC--TTCTTATCAAA ste GCGGGAAGCCTTGACTT-GACGTTGCTCATGATCGAGCAGGGGAT.....TCCATACAGC -300 -290 -280 -270 -260 -250 <<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CTCAACAA-ACGATTGCAGGGCGTTTTCCGGACCCTCTGCCAAAATCTCGACACGCCCGT hal TTCAAGATGAGGATTG...........CCAGAGCTTGATCCAACATCACG-CATGCCTGC ste CCGTATGA-ACG............TTTCCGGCTCATC....................... -240 -230 -220 -210 -200 -190 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub CATCACGGTTTTTGACCCAGCCGGCCAGTTTTCG-CTTATCAGCTTCCATTTGAACAAAA hal CTTTAAG.........................................AATTGAAGAAAA ste .......................GCGAGTTTCCGGCTCATC................... -180 -170 -160 -150 -140 -130 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< sub TAGCGAAAGCCCACACCTTGAACCCGGCCGTCTACAATGATTCGGTATTGAAGCATGTAA hal AGGCGAGAG.CCAGAGCTTGATCC.............TGGTTCTGTATCGA......... ste .........................GGCCGTCAAC................AGCCCGGAA -120 -110 -100 -90 -80 -70 sub AAACCACCTTTTCTTTTTATGATAATCAATCATTTTACAACCTGTAAAGGGGATGTGTTT hal ...........TCTTCTTATCAAATTCAA............................... ste AAAGCAGC...........................TACAGCCCGTA.AGGGGATG..... -60 -50 -40 -30 -20 -10 sub GT hal .. ste .. -1 > : other CDS - : gaps within a similar region ] : terminator . : gaps between similar regions } : RNAs @ : known binding sites <,[,{ : opposite direction About alignment...