Phylogenetic profile
:
SigE
Orthologous information of transcription factor. (
Explanation
of these marks.)
TF
COG
Orthologs
SigE
COG1191
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
.
.
Orthologous information of regulated genes. (
Explanation
of these marks.)
Regulated operon
Regulated gene
Orthologs
asnO
asnO
+
+
+
+
.
.
.
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
bdbDC
bdbD
No ortholog data.
bofA
bofA
No ortholog data.
cotE
cotE
No ortholog data.
cotJABC-yesJK
cotJA
No ortholog data.
ctaA
ctaA
+
+
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
+
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
.
+
ybaK-cwlD
cwlD
*
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
*
+
.
+
+
cwlJ
cwlJ
*
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
dacB-spmAB
dacB
*
*
*
*
+
+
+
*
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
*
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
.
gerM
gerM
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
glgBCDAP
glgB
+
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
.
.
.
+
.
.
.
+
+
.
+
.
.
.
+
+
.
.
+
+
+
.
+
+
mmgABCDE-yqiQ
mmgA
*
+
+
+
+
.
*
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
*
.
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
*
+
.
.
.
+
+
nucB
nucB
No ortholog data.
phoB-ydhF
phoB
+
+
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
*
.
.
.
+
.
.
+
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
+
phoPR
phoP
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
prkA
prkA
*
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
safA-coxA
safA
No ortholog data.
spoIID
spoIID
*
*
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
+
+
yqhV-spoIIIAABCDEFGH
spoIIIAA
*
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
yqhV-spoIIIAABCDEFGH
spoIIIAG
No ortholog data.
spoIIM
spoIIM
*
*
*
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
.
spoIIP-yqxA
spoIIP
No ortholog data.
spoIVA
spoIVA
No ortholog data.
spoIVCA
spoIVCA
*
+
*
.
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
*
+
+
+
+
.
+
+
.
.
+
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
+
spoIVCB-spoIIIC
spoIVCB
*
+
*
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
.
.
spoIVFAB
spoIVFA
*
*
+
+
.
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
.
.
+
*
+
+
+
+
*
+
spoVB
spoVB
*
*
*
+
+
*
+
+
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
*
+
+
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
+
+
spoVD
spoVD
*
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
*
+
+
+
+
+
+
murE-mraY-murD-spoVE-murG-murB-divIB-ylxWX-sbp
spoVE
+
*
*
*
+
*
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
spoVID-ysxE
spoVID
No ortholog data.
spoVK
spoVK
+
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
+
+
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
.
+
spoVM
spoVM
No ortholog data.
spoVR
spoVR
+
*
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
usd-spoIIID-mbl-flhOP
usd
No ortholog data.
yaaH
yaaH
*
*
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yabMNOPQ-divIC-yabR
yabP
No ortholog data.
ybaN
ybaN
*
*
*
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
+
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
+
.
.
+
+
.
+
+
+
ycgFG
ycgF
*
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
+
.
.
+
.
+
ydcA
ydcA
+
+
+
+
*
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
*
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
.
+
+
+
+
.
+
ydcC
ydcC
*
*
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
*
.
.
+
.
.
+
ydhD
ydhD
*
*
*
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yfhS
yfhS
No ortholog data.
yfnHGFED
yfnE
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
yhaX
yhaX
+
*
*
+
*
+
*
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
+
+
.
+
+
.
+
+
+
.
.
.
+
+
.
+
.
.
.
+
+
+
*
+
*
.
+
+
+
yhbH
yhbH
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yhcOP
yhcO
No ortholog data.
yheCD
yheC
No ortholog data.
yhjR
yhjR
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
.
yhxC
yhxC
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
+
yitCD
yitC
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
.
+
yjbE
yjbE
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
.
.
.
+
yjbX
yjbX
No ortholog data.
yjcA
yjcA
No ortholog data.
yjdH
yjdH
No ortholog data.
yjfA
yjfA
No ortholog data.
uxaC-yjmBCD-uxuA-yjmF-exuTR-uxaBA
yjmC
*
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
*
*
*
.
+
.
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yknT
yknT
No ortholog data.
ykvI
ykvI
+
+
+
.
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
ykvUV
ykvU
*
*
*
+
+
*
+
+
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
*
+
+
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
+
+
+
ylbJ
ylbJ
*
+
+
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
gerR
ylbO
No ortholog data.
yloB
yloB
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
.
+
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
.
+
.
.
yncD
yncD
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
yndA
yndA
No ortholog data.
yngJIHGFE
yngJ
+
*
+
.
.
.
*
.
.
.
.
.
+
+
*
+
+
+
+
+
+
.
+
+
.
.
.
+
+
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
+
.
.
+
+
yoaW
yoaW
No ortholog data.
ypjB
ypjB
No ortholog data.
ypqA
ypqA
No ortholog data.
yqfCD
yqfC
No ortholog data.
yqfZY
yqfZ
No ortholog data.
yrrRS
yrrR
+
+
+
+
+
+
+
+
.
.
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
ysnD
ysnD
No ortholog data.
yteV
yteV
No ortholog data.
ytrHI
ytrH
No ortholog data.
ytvI
ytvI
*
+
+
+
+
+
+
*
.
.
.
.
+
+
+
.
+
+
+
+
*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
*
.
.
+
+
+
+
+
+
+
+
ytxC
ytxC
No ortholog data.
yunB
yunB
No ortholog data.
yuzC
yuzC
No ortholog data.
ctpB
yvjB
+
+
+
.
.
.
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
ywdL
ywdL
No ortholog data.
yxjC-scoAB-yxjF
yxjC
+
+
+
.
+
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
+
+
+
+
+
.
+
+
+
*
.
+
+
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
+
.
yyaD
yyaD
+
+
+
.
.
.
+
.
.
.
.
.
+
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
yybHI
yybI
No ortholog data.
Copyright: Human Genome Center, Inst. Med. Sci., Univ. Tokyo; 1999-2005
Contact:
Kenta Nakai
