Xre alignment

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xkdB_3----AAAATAACTTGAT-----GATACAGAATGTATC-----GTTTATACTTGGTAAC--
xkdB_4--TACTTGGTAACATCC-----GATACAAAATGTATC-----AAAAAAGATCAGGAGAGT
xkdB_1--TTACTTATGATTATA-----GATACAAAATGTATC-----AAAATAAAGTTATGA---
xkdB_2TATCAAAATAAAGTTAT-----GATAAAAAAAGTATC-----AAAAATAACTTGATGA--